Sono i cicli di composti importanti come il carbonio, l'azoto, lo zolfo o il fosforo. I composti circolano nel loro grande ecosistema e i microrganismi ricoprono un ruolo importante in questo. Legano l'azoto dell'aria, lo rendono utilizzabile per le piante e, se c'è un eccesso, lo riconvertono in azoto atmosferico (vedi "fissazione dell'azoto", "nitrificazione" e "denitrificazione"). Inoltre i microrganismi, insieme agli animali in decomposizione, scompongono il materiale morto nel suolo e alcuni possono elaborare lo zolfo nocivo o aiutarci a digerirlo.
Spiegazione per i bambini:
Nel nostro grande spazio vitale succede sempre qualcosa, quindi la maggior parte dei composti é sempre in movimento. Quando dobbiamo andare in bagno espelliamo molto azoto. Attraverso diversi passaggi arriva poi nel terreno dove le piante ne hanno urgente bisogno. Attraverso altri passaggi può diventare di nuovo azoto atmosferico; abbiamo già imparato a conoscere questi processi sotto "fissazione dell'azoto", "ammonificazione" e "deammonificazione". Funziona in modo simile con altri composti come il carbonio, lo zolfo e il fosforo. Non sono in un posto fisso ma girano sempre nel nostro grande sistema spostandosi di stazione in stazione. I microrganismi sono molto importanti in questi cicli perché possono, per esempio, legare l'azoto dall'aria e convertirlo per le piante o laborare materiale morto.